Nonostante la fondamentale importanza che la città di Gerusalemme riveste per il popolo cristiano, il periodo in cui la città fu sotto il diretto controllo cristiano si limita a pochi secoli e si colloca tra la conversione al cristianesimo dell'imperatore Costantino con la proclamazione della libertà di culto ai cristiani (Editto di Milano dell'anno 313) e l'invasione persiana del 614, che precedette di una ventina d'anni la conquista musulmana della città operata da Omar.  Facendo propria la tecnica più volte usata dai romani, i musulmani rasero al suolo o trasformarono radicalmente quasi tutti gli edifici di culto costruiti in tale periodo.
Una seconda e molto più breve dominazione cristiana si verificò durante l'epoca delle crociate.
Espugnata la difesa musulmana con un assedio durato cinque settimane, il 15 luglio 1099 i soldati di Goffredo di Buglione entrarono in Gerusalemme, ma neppure un secolo dopo (era il 21 ottobre 1187) il Saladino riconquistò la Città Santa.
Nell'alternarsi delle conquiste e riconquiste si deve segnalare un terzo (ed ultimo) momento cristiano per Gerusalemme all'epoca della V crociata (1229), finchè nel 1244 la città ritorna sotto il dominio musulmano e non verrà mai più riconquistata.
L'ultimo baluardo cristiano in terra di Palestina fu San Giovanni d'Acri (Akko), che resisterà fino al 1291 agli assalti dei Mamelucchi.
Indispensabile segnalare la presenza dei frati francescani: dalla visita di Francesco e dal suo amore per i luoghi della vita terrena di Gesù nacque la Custodia di Terrasanta, formata fin dal suo sorgere da frati francescani provenienti da ogni parte del mondo e tutt'ora presente in oltre 70 luoghi sparsi tra Israele, Territori Palestinesi, Giordania, Siria, Libano, Egitto, Cipro e Rodi.  Fondamentale la loro attività di accoglienza e di guida per i pellegrini che da tutto il mondo giungono in Terrasanta